但是,新的一段传奇似乎并不顺利,自他踏上西班牙领土不久,他就陷入了与为争取自治的城市之间的争斗,而在西班牙的统治阶级内部,同样暗流涌动:一些西班牙贵族则对他在卡斯蒂利亚为一些佛兰德人安插官职感到不满并进行着自己的小动作。但是最后,最终所有的反抗都被他压服,一个顺从、强大、统一的西班牙,成为了日后查理一世纵横欧洲的坚强后盾。
1518年,一位38岁的退役军人求见查理一世,他就是麦哲伦。[图片]查理一世接见了麦哲伦,并和他进行了漫长的交谈。这次会面后不久,在同年3月22日,查理一世代表自己的母亲胡安娜,与这位退役军人签订了协议,他被赋予了在未经探测的海洋发现土地的特权和优先权,作为收益,麦哲伦与他的朋友法莱鲁可获得他们所发现土地的全部收入的二十分之一。同时,如同先行者哥伦布一样,他们也被任命为发现领土的可世袭的总督,以及海军上将。另外,如果获得了六个以上的岛屿,那么就有两个将成为他们的私有财产。
1519年9月20日,获得西班牙国王自主的麦哲伦,带领着五艘船、265名船员的船队,驶出了塞维利亚港。
与此同时,随着西班牙对古巴的征服的完成,查理开始把目光转向南美大陆。1518年,古巴总督派出了克尔特斯远征墨西哥,到1520年为止,西班牙人已经占据了阿兹特克王国的大部分地区,并建立了与之相适应的统治。