从一开始就魔改了，重新开始看

动画剧情从打完高雄之后就完全是原创了，动画和漫画的设定是完全不一样的。
首先漫画的大海战发生在开篇的17年前而不是7年前；
其次动画中人类的基础科技要强得多，振动弹头在动画里是侵蚀鱼雷的改良版，带有两个战斗部，攻击时先由索姆尼姆战斗部突破力场（原理和侵蚀弹头似乎很像），然后共振战斗部才会攻击海雾本体，而漫画的振动弹头是完全的人类造物，不具备突破力场的能力；
第三，动画的量产长良你也见到了，但在漫画里海雾和她们的历史原型是一一对应的，没有那种炮灰式的量产船；
第四，漫画的摩耶是有独立意识的，不是傀儡，400和402现在也活的好好的；
第五，动画里没有天羽琴乃这个关键人物，也没有第四设施火灾事件，此外动画中群像的父母都挂了，但漫画里没有（翔像是重伤之后被武藏用一个核心复活，目前可以认为是有自我意识的，不是武藏控制的人偶）；
第六，动画中的AC是旗舰控制的一个指令库，而漫画的AC是凌驾于所有海雾之上的独立个体（但疑似身上有伤，不知道是什么时候留下的），甚至还有自己的名字（AC只是代号）
这是已知的几个主要区别