1.如果你跟沃伦（神秘人，一代主角）进入了少将的房间，你就会知道AID没有研究出“机变”的疗法，也就是没有能力把被纳米感染的人治好。而AID仍然不断地用小孩与纳米结合做实验，最后还抓了雅典娜，把雅典娜与纳米群融合。（打少将之前的剧情，少将与雅典娜说你会是拯救人类的希望，而雅典娜表示纳米群意识不止一个人，见一代），AID的目的是什么？个人猜测就是把雅典娜的意识融入纳米群，使她可以控制失控的纳米群，这就有点像星际2的凯瑞甘，虽是虫群的领袖仍然带有人性

2.游戏中AID看似作恶多端，比如做用小孩做实验，你见到的AID基本都会打你。但是结合各种录音（特别是港口）你就会发现是AID进入耶利哥中尽力维持稳定，隔离被感染的人类，并想要找到可以处理纳米群的方法，但是不断被屠杀。后期会捡到一个录音，第一个BOSS典狱长知道会发生点什么（遁地兽），手下劝他撤离，但他仍然坚持，从此看来他其实也是个尽职的人。AID会打主角，也是因为主角感染程度超标（过门会响）

3.关于邪教，伊莱和他妈都是反对小约翰尼贩毒的，但是越到后面越变态，不知道是因为纳米群改变了他还是如何。这一点的刻画太少。剧情上没有做出一种演变的过程，这个人给人的感觉就是，小BOSS怎么复活了，又复活了，还是最终BOSS???

4.关于纳米群，我们可以知道的是，这是一代有意识的病毒坐着载有纳米群的导弹出来了，并不断感染各种生物和机械。但游戏内也没有说明这种原理。后期在巨岩可以找7个录音，一个人变成纳米怪的过程，到最后提到他的意识听从了纳米群的意愿。某种程度上有点像星际争霸的“虫群”。

沃伦的任务奖励武器2.0拿到了吗？ 我不知为何按着贴吧来还是普通版本

我三周目把所有能杀的NPC全杀了