因高增站进站客流明显偏低,3、9号线取消高增站,3号线在原珠江新城位置改走花城大道,为减少乘客从市广路前往3号线、18号线北上的时间,22、18、3改为在市桥换乘,番禺广场站南移,嘉禾望岗站改为地面站,龙归-人和按旧规划走高架,于机场高速和迎宾大道交汇处东侧入地。
9号线按原规划延伸至炭步,但移除了森林公园站,同时改走人和与3号线高架同台换乘,前往白云东平,为避免人和-白云东平站距过长,中间于草庄村公交站附近增设草庄站,预留增设夏良站与14号线换乘的条件,为避免挖掘农田,9号线人和-白云东平站走高架。
为解决18号线原规划严重的交而不换问题,原本思路为使用20号线作为18号线在市区的复线、将3号线作为燕塘以北的18号线复线将石牌桥、猎德、体育中心、燕塘与18号线连接,但由于5号线与13号线的交换线位、5号线的北绕,冼村站被取消,18号线不再需要为了停靠冼村而穿过石牌桥、猎德。同时,石牌桥-猎德区间将仅略短于磨碟沙-龙潭区间,对旅速影响偏小,再加上取消了18号线京溪路站,进一步补回了多消耗的时间。此处存在多个比选方案,如18出东站后拐向天河客运站,或将6号线走向由沙河-天平架-燕塘-天河客运站改为沙河-广州东站-东莞庄-天河客运站、在18离开东站后停靠燕塘等。18号线开通顺序改为先“马鞍山公园-天平架”后“天平架-市桥”,其中市桥-万顷沙包含于22首通段中开通,在“天平架-市桥”开通后22与18可于市桥-万顷沙共线运营。


