《丸子与银河龙》中，丧失记忆的孤儿“丸子”，将于统治银河的龙“阿尔可”一起展开寻宝冒险。在旅途中，丸子得到了自己母亲的线索，目的地是出生的故乡——地球。
在地球的旅途中，丸子先认识到了琉璃，樱子和游子，随后认识了学生会的伊势崎姐妹和黑骑、以及电视上的市长，又因为争夺宝藏“蜥蜴石”而结识白垩和腔棘，最后丸子选择入学与这些伙伴们过上愉快的学院生活。
入学后的丸子从各种讯息中得知到了母亲的身份是在学校食堂工作的阿姨，但是阿姨并没有任何关于丸子的记忆。在种种不可思议的事情后，丸子察觉到了一切的真相。