以下是我个人向的无责任瞎推测，含剧透。
首先界轨确实如之前所说填了不少坑。但也挖了不少新坑。现在谜团越来越多了，但相应的，塞姆利亚世界观的真实形态也开始显现出冰山一角。目前剧情和设定上的疑问很多，先整理一下：
一、世界观
塞姆利亚世界的世界观到底是怎样的？
女神的本质和目的是什么？
从空轨开始，为什么女神、圣兽、盟主都称呼塞姆利亚人为“人类之子”？从空轨开始一直提到的赌约，还有可能性，又是什么意思？
导力的本质是什么？
女神（或者是其他人？）放置时之至宝，不停重置世界，目的是什么？时宝观测并估算SiN值，这个值是代表什么，有什么意义？
大崩坏到底是什么？
二、共和国篇
时宝是如何实现重置的？是灭世型重置还是时间回溯型重置？如果是后者，那坠机少校的化石又是什么情况？
汉密尔顿博士的阿尔塔核心（仿制的创世），是以什么原理运作的？
阿妮有什么特殊的身份？为什么只有她们一家的血脉才能通过八创世入侵并改变“重置”进程？
阿妮重构了重置的进程，具体会有什么影响和代价？
莉婕特的身世是怎样的？为什么她能来自未来的1259年？
魔装鬼和梅亚的本质是什么？
那些“残渣”面具人究竟是谁？为什么会出现？又为什么要协助汉密尔顿博士？最后那句“让你们承担了这么多”又是什么意思？
三、结社和教会
结社的奥菲斯计划，特别是第三阶段的永劫回归计划，它的本质和目的是什么？
盟主的身份？
疯狂博士的身份？
终焉白之圣女的本质和目的是什么？
妮娜说的白色扭曲是什么？
四、前作相关
闪1和闪3的序章，到底有没有隐藏玄机？
云卡法伊说黎恩与黑神的对决，又是指什么？
由于这些谜团互相犬牙交错、互为因果，没办法一一逐层分析，免不了要有先入为主、先射箭后画靶、先出结论后找依据这样的主观方式，不喜勿看。
先说总结论：
塞姆利亚世界很可能是一个在模拟系统中运行的虚拟世界。因此，塞姆利亚大陆并不是星球，而是被“无尽之海”包围的一块陆地。而太空之外的群星则更是根本不存在，只不过是系统重构了塞姆利亚人的视觉而造成的假象。总之就是类似于《十三机兵防卫圈》那样的世界。既然有这样一个模拟系统，那么肯定存在着管理这个系统的管理员GM，而且这个GM很可能是一个AI。那么所谓的空之女神爱德丝，其实很可能就是负责管理塞姆利亚模拟系统的AI。
至于为什么要有这样一个系统，可能是现实世界的人类社会（即所谓的外之理一类的）遇到了什么无法解决的问题/瓶颈，需要在这样一个虚拟世界中做模拟迭代，以寻找解决的办法。

下面基于以上的总结论作为基础，试图回答前面所说的部分谜团（当然还有一部分确实没想出合理的解释）。
一、世界观
·塞姆利亚世界的世界观到底是怎样的？
·女神的本质和目的是什么？
——这两个问题在总结论中已经得到回答。
·从空轨开始，为什么女神、圣兽、盟主都称呼塞姆利亚人为“人类之子”？从空轨开始一直提到的赌约，还有可能性，又是什么意思？
——如果总结论成立，那么塞姆利亚人是由人类创造的模拟系统中的人物，那么叫人类之子就很合理了。所谓的赌约和可能性，我猜应该就是指找出应对外世界遇到的问题的方法。另外，关于塞姆利亚人，究竟是纯AI模拟，还是使用了外世界人的人格做的模拟（类似十三机兵），还无法确定。
·导力的本质是什么？
——说到贯穿轨迹系列的“导力”，也是一个非常奇怪的现象。在界轨中，提到时空跳跃时，有人说了句这不违反了守恒定律吗？说明在塞姆利亚大陆是存在类似能量守恒、质量守恒这类守恒律的。但导力这种反直觉的能源，却也是违反守恒律的。那么它的本质是什么呢？
一种解释是基于传统模式的解释，可能古塞姆利亚人（方舟上的那批，不是现在这批）用某种方法制服了女神，然后用某种机关源源不断从她身上汲取能量，类似于《风色幻想5：赤月战争》中的埃尔汀机关。
另一种解释是以基于前面的总结论为基础，可能是这个模拟系统提供给塞姆利亚大陆的一种秘技：既然是模拟系统，那么资源也只是一个数字而已，通过导力这种秘技，直接给模拟世界提供能源，用来缩短模拟世界的科技发展历程，以更快地实施迭代。
·女神（或者是其他人？）放置时之至宝，不停重置世界，目的是什么？时宝观测并估算SiN值，这个值是代表什么，有什么意义？
——还是基于前面的总结论，我认为这属于这个世界的一重考验。因为如果一个模拟文明的发展，不能突破前面的考验，那么后面的模拟就没有意义，不如重新进行下一轮文明。这就类似于算法里的“剪枝”，把通不过评估函数的节点剪掉不再进行运算，而是直接前往下一个节点。前面云卡法伊说过，通过了钢的考验后，这个回天就不可避免了。说明之前帝国的七之相克，也是考验的一种。
而这个SiN值，可能就是代表这一轮模拟世界发展状况的评估值。因为时之至宝在评估SiN值的时候还观测了这个文明的发展水平。之前还有人提到了“人类的罪，不是原罪”。正好单词sin对应“罪”，所以里面的罪，也可能对应这个SiN值。这个情况，就有点类似《三体》里面那个三体游戏，会对每一轮文明的发展进行评估。
·大崩坏到底是什么？
——这个一时还很难下结论，要根据时之至宝重置的方式来判断。
二、共和国篇
·时宝是如何实现重置的？是灭世型重置还是时间回溯型重置？如果是后者，那坠机少校的化石又是什么情况？
——重置有两种可能的实施方式。一种就是灭世型，把现有的世界毁灭，让这些人重新转世，然后文明从0开始，现有的文明变成史前文明，现有科技的物品变成下一个文明的“古代遗物”，在这种假设下，大崩坏就是上一轮文明的灭亡。另一种是重置型，就是真的把时间往回拨，所有事件也往回回档，回到七曜历0年的状态，在这种假设下，大崩坏就是在循环之前的史前文明的灭亡。从目前的种种迹象来看，我比较倾向后者。但后者也有一个问题需要解释，就是那个坠机少校的化石是怎么来的？我的猜想是汉密尔顿博士利用阿尔塔核心，把坠落的机体传送到了过去，所以大家没被机体砸到。而过去的改变又影响了现在，克雷优村又多了一个石像。
·汉密尔顿博士的阿尔塔核心（八创世的仿制品），是以什么原理运作的？
——我认为是用类似于量子力学中的波函数的方式运作的。把过去或者未来的事物量子化，让它跨越时空进行跳跃，也能使某些事物同时处于两种不同状态的叠加态。而按下按钮，则是进行某种观测，使得波函数坍缩。塞姆利亚大陆的文明已经到了火箭发射了，这时候基础学科研究应该也已经能接触到量子力学了才对。
·阿妮有什么特殊的身份？为什么只有她们一家的血脉才能通过八创世入侵并改变“重置”进程？
——阿妮的身份确实很特殊。结局的台词有提到，要入侵时宝，除了需要八创世，还需要阿妮传承的“血脉”。其实她不是爱普斯泰恩的亲曾孙女。爱普斯泰恩收养了她的外婆当养女，然后是生下苏菲（也就是阿妮妈妈），然后苏菲和总统生下阿妮。阿妮说传承的心愿的时候，也只是从外婆开始讲，并没有提到爱普斯泰恩。也就是说，爱普斯泰恩收养她外婆，这个不是偶然的。
那么阿妮究竟时什么身份呢？为什么她可以对时宝使用调律者模式呢？我有一个大胆的猜想：女神至宝和守护圣兽是成对出现的。比如空轨的古龙、零碧的蔡特、闪轨的那只倒霉的黑化龙还有罗赛一族。划重点：罗赛一族。圣兽不一定是单独以兽的形式出现，也可以像罗赛那样搞出一整个眷族出来。罗赛一族到艾玛的时候，看上去已经跟普通人无异了。那阿妮为什么不可以是类似的状态？这也解释了为什么最后阿妮还会变身成类似天使的样子，因为她是圣兽眷族。同时也解释了为什么她可以进行调律，因为她是时之至宝的守护圣兽的眷族。八创世应该是类似于一个连接时之至宝的终端，那么阿妮则是用来进行身份权限认证的手段。
·阿妮重构了重置的进程，具体会有什么影响和代价？
——这个确实看的比较有疑问。阿妮下的指令是暂存现在的状态（即第19999轮文明）。这个类似什么？感觉像是新建了一个存盘点进行暂存。但从片尾来看，重置还是执行了，那些人一个个都消失了，包括范爷，最后也是在走马灯的回忆倒放完消失了。而且从剧情对话看，类似的事情她的妈妈和外婆也做过。最后还有一个就是结尾那里，范爷和阿妮初见的场景，范爷推开门，本来门口应该站着阿妮的，结果阿妮消失了，预示了一个没有阿妮的世界。但这就很奇怪，之前苏菲应该也做过类似的事，但她并没有消失，只是早逝而已。那么卡特尔提到的“无可挽回”的状态到底是啥？这个目前存疑。
比较确定的一个猜想是续作应该是从第20000轮文明开始。另一个不大确定的猜想是，会不会是存盘了之后，在下一轮文明达到重置点重置时，以自己生命为代价换取读档，也就是20000轮文明重置，但读取了19999轮文明的存盘资料，相当于卡BUG跳过重置？但还是有很多说不通…… 暂时存疑。
·莉婕特的身世是怎样的？为什么她能来自未来的1259年？
——首先比较肯定的一点是莉婕特来自于未来的1259年。从安卡维尔的剧情和回忆宝珠来看，可以确定莉婕特是夏侬的孙女 ，而且她身上有继承她奶奶（夏侬）和爷爷（快递小哥，有个支线任务有提到）的善良温柔和热心。从回忆宝珠来看，1259年的世界并不是很好，处于战乱和饥荒的状态（所以莉婕特会对废墟的市政厅感到熟悉）。但是，这里面有个问题，为什么她能来自1259年？在本轮文明里，1209年就发生了重置了。那么，莉婕特应该是来自某轮跨过了1209年大过滤器门槛的文明？又或者说是，其实她来自于未来的某轮文明（第20000轮甚至更往后的文明）？这个确实很难解释，但我们可以从其他细节稍微窥探一下。MK公司正是靠莉婕特维生装置上的来自于未来的技术才崛起的。而被结社黑入的黑色庭院，也是依托于MK公司掌握的一些未来技术构建的，在未来技术的深处，疯博士发现了“自己曾经存在的证据”。所以说，莉婕特应该还是来自于前面的文明（第19999轮文明之前）。至于她那轮文明是怎么跨越时宝的阻碍，又是怎么引发了战乱，目前确实不得而知。
·魔装鬼和梅亚的本质是什么？为什么卢尼也能变身？
——这个目前也是存疑。初步猜测梅亚来自于MK核心，应该是来自未来的AI，可以强化使用者变成魔装鬼（但需要有创世或者复制品激活）。卢尼可能是因为他的塞法也有类似梅亚的AI核心？
·那些“残渣”面具人究竟是谁？为什么会出现？又为什么要协助汉密尔顿博士？最后那句“让你们承担了这么多”又是什么意思？
——面具人有几个已经现出真面目了。比如“大君”，没正式摘面具前就已经猜到了。还有贾可莫和梅鲁奇欧，都现出真面目了。但还有个女战士身份未知。另外就是凯文线结尾那三个。最后那三个，我一开始以为摘面具的是另一个世界线的阿妮，但后来发现不对，“残渣”的成员都是已经在这世界上本来不应该存在的了。然后看到有人说是共和国开国三巨头。我就回去翻了翻妮娜出演那个《Gloria》舞台剧的场景，发现还真是。女剑客的剑，和舞台剧里希娜的剑长得很像，而军刀手的军刀，也和舞台剧里奥古斯特手上的军刀长得一模一样，那么剩下的魔导士，便是艺术家出身的亚拉密斯，也很合理。
他们会出现，应该是汉密尔顿博士使用阿尔塔核心产生的副作用？或者是博士故意召集过来的？感觉前后说法有点矛盾，后期博士说他们的出现是征兆，但前期看着又像是她计划的一部分。但这群人里面正邪难分，却都一致愿意为博士的目标服务，也很奇怪。感觉三巨头是出于责任感（应该是已经知道了内幕所以才会说“让你们承担了这么多”），大君是为了见证自己后裔的能力，贾可莫纯求生，梅鲁奇欧乐子人，勉强说得通，但感觉还有点怪。最后一个面具人，那个女战士，菲莉一直以为是阿伊妲，但后来看好像不是？梅鲁奇欧说他们猜错了。如果不是阿伊妲，那只能是菲莉的妈妈？

三、结社和教会
·结社的奥菲斯最终计划，特别是第三阶段的永劫回归计划，它的本质和目的是什么？
——在提到时宝重置的时候，也有人提到了永劫回归。所以我猜应该也是某种回档。但是应该规模和级别比时宝还要大。目前看能回档的有琪雅、创世、时宝，从规模和级别看，应该是创世<琪雅<<时宝<<<永劫回归？
·盟主的身份？
——之前我一直认为盟主就是女神，特别是创轨的标题画面，有个女子拿着三根象征命运的丝线在手中拨弄，后来被证实这个女子就是盟主。不过现在我感觉应该作一些修正。盟主可能是女神的使徒或者转世。如果考虑前面的总结论，即女神就是管理塞姆利亚模拟世界的AI的话，那么盟主应该是这个管理员AI诞生出来的一个人格，类似于“极乐世界”和拉碧斯之间的关系。
·疯狂博士的身份？
——疯狂博士一直在翻庭院深处的资料，想找自己存在的证据。最后发现了自己就是爱普斯泰恩的唯一亲传弟子。这说明什么？之前看到一个朋友的解释，我觉得挺有道理：深处的那些资料，是上一轮甚至上几轮文明的记录，而在之前的文明中，疯狂博士确实就是爱普斯泰恩的唯一亲传弟子；但在这一轮文明中，他的存在因为某些原因被替换掉了，所以爱普斯泰恩的亲传变成了三高徒。至于为什么会被替换，要么是因为被盟主招安了，要么是因为莉莉雅或者苏菲的某些行为导致了扰动，造成了被替换。当然，这一切得到庭院的深渊区域去验证。我估计后续DLC会开放深渊区域，将会爆出部分情报。
这里面其实还有一个问题：博士那么桀骜不驯的一个人，为什么会对盟主唯唯诺诺？记忆宝珠里面，有提到博士对AI的崇敬。那么，如果盟主就是女神的AI人格的话，博士对她的恭敬就说得通了。
·终焉白之圣女的本质和目的是什么？
——在追忆宝珠中可以看到，妮娜使用的不是塞姆利亚的通用语言，而是一种谁都不懂的语言。那么，她很可能不是来自这个世界，而是外世界。另一方面，她和盟主都是蓝头发，而且界轨的封面里是把她俩放到一起的。所以这两人之间一定有着千丝万缕的联系。如果前面所推测的盟主是女神的AI人格的话，那么妮娜就很有可能是女神的另一个人格。盟主和妮娜也许是永劫回归所必须的两把“钥匙”。这个就类似于核按钮的保险机制，比如有的国家，需要总统和国防部长同时按下核按钮，才会触发核打击命令。而在《风色幻想5》中，灭世神兵赫尔梅斯也是需要黑翼和白羽两名使徒驾驶才能启动并毁灭世界。我猜盟主和妮娜也是这样的一对存在，所以在永劫回归（比时宝更大的回档）即将到来的时候，妮娜才会出现在这个世界。
·妮娜说的白色扭曲是什么？
——妮娜之所以会前往共和国，就是因为看到了白色扭曲。那么那个白色扭曲是什么？我觉得有两种可能。一种是汉密尔顿博士制作的阿尔塔核心，她在萨尔巴德的水利工程使用，通过时空穿越来调水，同时也是为自己的计划做实验。另一种可能说的是范恩。范爷的存在其实一直很奇怪，又是漂泊的魔王，又是魔装鬼什么的，身世也很离奇，莫名其妙的跟各种人特别是阿妮扯上了联系，界轨结尾那句“为了终将归来的你”，是阿妮对范爷说的，这就很诡异。我有一个大胆的猜想：范爷是一个被新创造出来的存在，可能就是之前的某轮文明中莉莉雅或者苏菲自我牺牲而创造出来的，使他最终能和阿妮发生联系，推动事态的进一步发展，以避免阿妮像她们一样纯自我牺牲。当然，这些都得看后续作品了。
四、前作相关
·闪1和闪3的序章，到底有没有隐藏玄机？
——闪1序章队伍里是没有克洛和米莉亚姆的，后来跑到列车炮那里好像也没有跟c还有独眼性感大姐姐交手？（后半部分这个记不大清楚了） 而且最后列车炮那里，感觉是没有阻止成功，列车炮还是发射了。但闪1正篇后面重新打到那里的时候，队伍是有克洛和米莉亚姆的，剧情走向出现了一些不同。闪3的话，序章队伍里没有分校长和安学姐，而且我记得到七姐登场就结束了。但在正篇的海都缭乱中，最后是分校长出马打败了七姐。这两格序章到底有没有挖坑？
如果只是其他作品，我也觉得没有什么特殊意义。但这是轨迹系列，在之前的作品里是有挖过类似的坑的：零轨的序章，跟后来的正篇也是有差异，而且这个差异是故意的，到碧轨的时候谜底才终于揭开，两个场景是不同的，后者是回档后重新经历的发生了变动的剧情。那么闪1和闪3的序章，说的有没有可能是之前其他几轮文明发生的情况？比如闪1没阻止列车炮，闪3被七姐团灭，最后因为没有阻止钢的考验而回档？
·云卡法伊说黎恩与黑神的对决，又是指什么？
——黑神可能也是塞姆利亚人需要面临的一个考验，有可能是模拟系统里的一种逻辑病毒。之前伺机感染了宰相引出了帝国和BE黎恩的悲剧，并幻化出了黑黎和黑骑神的模样。在尾声那里更是故意袭击了艾米莉亚。
目前大概的分析就是这样，更进一步的资料和验证只能等DLC和续作了。

以上首发B站。另B站有位朋友的一些观点也很有意思，顺便原文搬过来：
——（阿妮的重构）我觉得可能是拨回到50年前，艾普斯泰因教授刚好发现导力的那个时候。因为这个时候是整个轨迹系列最关键的科技节点。埃普斯泰因教授有可能是一个能带着观测记录一起重置的人，这样就能在每次重置后和三个弟子加速科技发展，去对抗重置。也能解释为什么导力科技可以发展么快，空轨到闪轨，满打满算都不到十年，战术导力器直接从机械怀表变成智能手机，中间是一点瓶颈都没有，莱恩福尔特在闪时也只能照抄艾尼格玛才辛苦搞出arcus，结果没两年汉密尔顿啪一声把赛法搞出来，这可能早就做过一次，条件允许了放出来。
——按照梅亚的情况，有没有可能所有的空洞核心的ai其实是某种外界意识的投影被世界规则给束缚了，而梅亚是相对束缚较少的，所以每次在灵子能量充足的地方能够稍微挣脱束缚出来，有点像马克邦在黄昏那样。而空洞核心ai出现就是导力网络兴起有关，网络刚刚兴起时就出现一个意外的意志——拉碧丝。
拉碧丝能够使用极乐世界将be黎恩再现，也就是说当时的极乐世界能够像六柱一样调用到时之至宝的数据库，把某一次重置的黎恩数据调出来重现。
所以梅亚和拉碧丝有可能是这个数据库的管理员，这说明为什么梅亚清楚知道黑色庭院的终点是数据库的原因。

每次轮回重置时间点不同
所以女仆可能是上一次轮回的1259年落到现在这个轮回了
然后埃普斯泰因的弟子并不是每次轮回都是那三位
上一次轮回他只有一个弟子就是第六柱

我也在写一个我其实之前就有想法的总体世界观到这部有了一些相对的证据
但是说实话 我认为不太可能把整个世界设计成虚拟的，这样太过于虚无 是创作上的大忌
一部单独的作品可以这么设计，但是经历了这么多部，玩家对整个大陆和这么多角色投入的感情，最后说大陆存在，所有人都是虚拟的，这是很犯忌讳，这种设计要写的让玩家接受是很难的
在我的世界观想法里，大陆肯定是存在的，但是是一个被保护也好被观察也好的厢庭世界
外界玄幻点说 妖魔横行 科幻点说 其实也简单，环境被破坏，甚至有可能虚化 ，人类只能留下这片区域生活

关于结尾路人的xipha灰飞烟灭的特写我其实觉得那并不是代表回溯到了xipha不存在或者更久以前的意思。因为要记住路人使用的"xipha"是看V公司为了配合普通人使用开发出的削减版T-phone，我没看到主角团或者游击士之类使用完全版xipha的人的xipha消失画面，所以应该不会回溯到50年前，而是tphone没开发出来前

界轨来这么一出就等于前作世界观大半作废，谈都没有什么基点好谈

轨迹的世界观不适合用十三机兵防卫圈的世界观去套，十三机兵防卫圈是只剩那十几个生命了，刻画重心也基本全在那十几个人身上，剧情核心始终在围绕解决一件事。而轨迹至今为止已经塑造了很多人和发生了故事，最后你告诉玩家发生的一切都是假的，那么多人对立也好和合作也罢都是一场空，那不就成了弹丸论破v3的过家家和哆啦a梦网传的暗黑结局嘛。说真的，往进击的巨人的走向靠可能还好点，比如打破箱庭世界后发现外面是另一个大陆，再花2-3部描写另一个大陆的故事，最后1-2部完结，但我是不看好他在轨迹连载那么久的情况下兼顾那么多东西的同时能驾驭那么大的世界观的。

现在我反而觉得像sao里的uw世界塞姆利亚大陆是

虚拟世界的说法早就有人猜了，但其实我并不希望结果就是这样，十三机兵的虚拟世界设定能被接受是因为十三机兵故事比较短，在你过分投入前就结束了，而且整个故事是偏向硬科幻，铺垫很多，虚拟世界的设定是自洽的。轨迹要是整这么一出虚无感拉满，和梦结局都差不多了。

应该是灵魂重构吧，就还是那些人，但是我感觉部分觉醒的人能进化在重置中保留一定的认知传承

个人猜测是世界外有更大的威胁(魔王之类的)，时之至宝是为了通过自身和重置来筛选可以对抗外界的科技，所以一定科技以上的就不会被重置，会留下来，然后在下一次轮回中变成教堂概念中的古代遗物。
我猜测阿妮一家估计都是博士做的跟创世成套的人造人
盟主估计是可以用星辰代码，来调整因果律，但是微调因果就需要柱跟执行者协助，在某种情况下加某种条件，也就是盟主的几个计划

如果塞姆利亚真如刀剑神域underworld篇那样的虚拟世界一般，倒也能说得通，只是不太愿意接受