客运一分公司：1号线、2号线、8号线、11号线、20号线
客运二分公司：5号线、9号线、10号线、14号线
客运三分公司（前龙岗线公司）：3号线、6号线、6号线支线、7号线、16号线
子公司：12号线公司
城际公司：广东深莞惠城际铁路运营有限公司