在解决了4.0的星球危机后
列车受损，不得已跃迁到了最近的文明星球——黑洞世界西奈
（这个世界越靠近黑洞的地点时间越慢，
越远离黑洞的地方时间越快，
整个世界分为不同的时间层。
此地也是均衡信徒的训练之地之一，
他们掌握着其中的几个时间层。）
均衡的仲裁官为了表示歉意，带来了维修材料与补给物资
创造的令使mr.科瑞尔克则为了表示感谢，（星期日将太一之轮交给他们封印），他叫来了自己的老友——另一位创造令使mr.玛芯（machine），他是创造文明的机械大师。玛芯将会利用创造文明的技术，对列车进行大升级。
听说列车长不能出列车，玛芯大师赠送给了帕姆一台脑控机器人（样子被玛芯大师改成了和帕姆一样的外貌）。
因为耗时较长，姬子姐姐提议杨叔带列车组其他成员和帕姆机器人，在内层慢速时层游玩一下，等他们回来这个外层高速时层时，列车已经升级完毕了
在内层圈层游览时，列车组一行人了解到，此处也是天才以利亚萨拉斯的身陨之地。他是为了探索一个可能性来到此地，最终在此地离世。
在在游览时，列车组众人暂时分离。
但汇合时，列车组众人却发现彼此之间出现了显著的时间差，这些时间差，远大于同一时层可能存在的时间差。而帕姆机器人也没有回来。
于此同时，列车一边，帕姆从脑控中醒来，告诉姬子与玛芯大师，机器人断联了。
玛芯大师分析现状后，意识到时空场中出现了可以干涉时空的特殊质能体。
这是一个非常危险的信号，他和姬子于是打算暂停改造作业。进入慢速时层寻找主角一行人。
而在慢速时层，仲裁官发现了异常，他邀请主角一行人协助解决事件。
在各种线索下，他们来到了以利亚萨拉斯的旧宅。
在此处，他们得到信息，这位天才俱乐部的老顽童，是为了见证一位硅基生命体的成长，才来到此地的。而那位硅基生命体的胚胎，是从星核中诞生出来的!！