“萌”一词的流行开始于1990年前后,关于其语源众说纷纭,没有定论,主要的观点有三种。
第一种观点认为「萌え」是「燃え」的别字,因为有趣而在网络上流行起来。类似于中国网络上的“虾米”、“神马”等词。
第二种观点认为「萌え」来自于1993年播出的科幻动画《恐龙行星》中的女主角的代号“萌”。作品中使用了动画与实拍结合的手法,给人以打破二次元与三次元的界线的感觉,与御宅族们的理想不谋而合。
第三种观点认为「萌え」来自于1994年播出的《美少女战士S》中登场的角色土萌萤的名字。作品中屡屡遭遇不幸,但仍然温柔待人,并勇敢地向命运挑战的形象,深受粉丝的喜爱,于是这种对角色的喜爱被称为“萌”。