六祖俗姓卢，名惠能，原籍河北范阳（今北京郊区）人。惠能之父原有官职，后被降于新州（今广东新兴县），永作新州百姓。其母李氏，本地人，唐贞观十二年（公元638年）二月初八生惠能。惠能三岁丧父，母亲孤遗，家境贫寒，长大后靠砍柴供养其母。一日惠能卖柴于市，听一客诵经，惠能一听即能领悟，于是问所诵何经？客曰：金刚经。惠能又问经从何得来？客曰：得于黄梅寺弘忍大师。惠能归家告其母，矢志出家，几经周折，母从其志。惠能安置母亲后，于龙朔二年（公元662年）直达湖北黄梅寺，拜弘忍和尚为师。弘忍略问其意，便知惠能聪慧过人。为避他人之嫌，弘忍故命惠能踏碓舂米，经八月有余。

五祖弘忍挑选继承人，一日聚集众僧，告取自本心般若之性，令其徒各作一偈，若悟大意，可付衣钵为第六代祖。时有上座僧神秀，学识渊博，思作一偈，写于廊壁间。偈曰：“身是菩提树，心如明镜台。时时勤佛试，勿使惹尘埃”。惠能闻诵后，问是何人章句，有人告之，惠能听后则说，“美则美矣，了则未了。”众徒听了笑其庸流浅智。惠能亦无怪意，说吾亦有一偈，于是夜间请人代书于神秀偈旁。偈曰：“菩提本无树，明镜亦非台。本来无一物，何处惹尘埃。”

众见偈惊异，各相谓言，奇哉不可以貌看人。五祖见众惊，恐人加害惠能，于是用鞋抹去惠能之偈，故意曰“亦未见性”，众以为然。此日五祖到碓场，见惠能在腰间绑着石头舂米，心有感叹。五祖问话之后故意以杖击碓三下，默然而去。惠能会其意，三更时入祖室，五祖授于衣法，命其为第六代祖。令即南归，并嘱惠能不可立即说法；又曰：“衣钵乃争端之物，至汝止传。”六祖辞师南归，渡九江，行至大庾岭，发现有人追逐，知为衣钵而来。中有一僧慧明，原是四品将军，捷足先登，追及六祖。六祖为其说善恶正法，惠明悟，拜六祖为师。明辞回，对后追逐来的人说，前路崎岖，行人绝迹，到别处寻去，六祖于是免遭于难。

惠能行至韶州，初往曹溪，约九月余。又有恶徒追寻，六祖急逃广东四会，隐于山区猎人之列，达十五年之久。唐仪凤元年（公元676年），六祖出山到广州法性寺（即光孝寺）。时有主持印宗法师，知惠能得黄梅真传，遂拜为师，并为之落发。过了两年，六祖复归南华寺主持，传法三十六载，得法弟子43人，传播全国各地，后来形成河北临济、湖南沩仰、江西曹洞、广东云门、南京法眼五宗，即所谓“一花五叶”。法眼宗远传于泰国、朝鲜；曹洞、临济盛行于日本；云门及临济更远播于欧美，故南华寺有“祖庭”之称。唐先天二年（公元713年）七月，惠能归新州，八月三日坐化于新州国恩寺，亨年七十六岁。后其徒广集六祖语录，撰成《六祖坛经》。惠能真身于1981年农历十月开座于修建焕然一新的六祖殿中，以供参拜。千百年来，南华寺与六祖名字连在一起，著称于世。

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身是菩提树，心如明镜台。时时常拂拭，勿使惹尘埃。