1988年4月11日,国家环境保护委员会主任曲格平到西双版纳考察,提出在纳板河流域建立一个生物圈保护区的设想。1990年2月6日,西双版纳州人民政府向云南省人民政府提出建立保护区的申请。1991年7月5日,由云南省人民政府批准建立西双版纳纳板河流域多功能综合型省级自然保护区,面积为26100公顷,但没有明确保护区的功能区划。2000年4月4日,国务院批准纳板河流域自然保护区为国家级自然保护区。2001年12月17日,国家环境保护总局同意确定纳板河流域国家级自然保护区总面积为266平方公里,其功能区划及面积为核心区39平方公里,缓冲区58.08平方公里,实验区168.92平方公里。2007年9月24日,云南省机构编制委员会将保护区管理所更名为保护区管理局,为省环保厅下属相当于正处级事业单位,核定处级领导职数3名。
