这部61年连载的长篇科幻剧有改变历史的习惯。
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当一部剧像《#神秘博士#》一样有着如此悠久的历史和复杂的时来时去（timey-wimey），它有时会出现与过去自相矛盾的情节，这不足为奇。
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在最近英国电影学院奖BAFTA活动上，现任运作人RTD解释了他为什么不会被《神秘博士》自相矛盾的情节困扰：
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“《神秘博士》历史上已经出现了三次摧毁亚特兰蒂斯的故事（【尾注】），如果某天有人给我看亚特兰蒂斯毁灭的新故事，只要是好故事，我还是会再拍一遍。
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在上世纪60年代，第一任博士William Hartnell已经经历了特洛伊木马的事件，这不会我阻碍我现在再拍另一个博士经历特洛伊木马的事件。我现在还是可以再写。这不是剧透（这只是举个例子）——我没写！但只要加一句台词就能解决“噢，时间上出了点小故障，我们又来这里了。”
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2023年，RTD在60周年特辑3《窃笑》设定了博士历史与设定自相矛盾的万能解释——玩具匠告诉第十四任博士，他已经把博士历史做成了拼图。
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此前因为Richard E Grant的Shalka博士与2005新版剧集的Christopher Eccleston的第九任博士同是第九任博士，Shalka博士不被认为是正史。2024年，23新版S01E06《游荡者》（Rogue），主剧首次正式承认在2003年动画《Shalka的尖叫》首登场的Shalka博士Richard E Grant就是正史。
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RTD在BAFTA活动上也谈到了他邀请的《游荡者》编剧Kate Herron和Briony Redman是如何构思英国摄政时代的爱情故事：
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“她们加入了，她们想为博士写浪漫的爱情故事。我看我的整部剧发展方向有点黑暗了，并且即将会变得更加黑暗，我说我想要有趣的一集，浪漫爱情正合适。然后她们说‘我们要把这集变成盛大的舞会。’我们花了很长时间研究英国1920年代和1940年代，故事可以设定亨利八世国王的宫殿正在举办舞会。然后我忘了谁说‘让我们写一集《布里奇顿》样式的吧。’，然后我们就拥有了一集《布里奇顿》版本的《神秘博士》。”
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【尾注】：
第二、三任博士时期经历了三个不同版本的亚特兰蒂斯摧毁方式，详见老版第四季第五集《The Underwater Menace》、老版第八季第五集《The Dæmons》、老版第九季第五集《The Time Monster》。
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1992年小说《Transit》，第七任博士提及他拜访过了三个不同版本的亚特兰蒂斯 ；
2014年BF广播剧《Antidote to Oblivion》第六任博士提及有好几个版本的亚特兰蒂斯；
2015年，05新版S09E01《魔法师的学徒》，UNIT成员Jac提及了三个可能版本的亚特兰蒂斯。
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当一部剧像《#神秘博士#》一样有着如此悠久的历史和复杂的时来时去（timey-wimey），它有时会出现与过去自相矛盾的情节，这不足为奇。
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在最近英国电影学院奖BAFTA活动上，现任运作人RTD解释了他为什么不会被《神秘博士》自相矛盾的情节困扰：
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“《神秘博士》历史上已经出现了三次摧毁亚特兰蒂斯的故事（【尾注】），如果某天有人给我看亚特兰蒂斯毁灭的新故事，只要是好故事，我还是会再拍一遍。
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在上世纪60年代，第一任博士William Hartnell已经经历了特洛伊木马的事件，这不会我阻碍我现在再拍另一个博士经历特洛伊木马的事件。我现在还是可以再写。这不是剧透（这只是举个例子）——我没写！但只要加一句台词就能解决“噢，时间上出了点小故障，我们又来这里了。”
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2023年，RTD在60周年特辑3《窃笑》设定了博士历史与设定自相矛盾的万能解释——玩具匠告诉第十四任博士，他已经把博士历史做成了拼图。
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此前因为Richard E Grant的Shalka博士与2005新版剧集的Christopher Eccleston的第九任博士同是第九任博士，Shalka博士不被认为是正史。2024年，23新版S01E06《游荡者》（Rogue），主剧首次正式承认在2003年动画《Shalka的尖叫》首登场的Shalka博士Richard E Grant就是正史。
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RTD在BAFTA活动上也谈到了他邀请的《游荡者》编剧Kate Herron和Briony Redman是如何构思英国摄政时代的爱情故事：
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“她们加入了，她们想为博士写浪漫的爱情故事。我看我的整部剧发展方向有点黑暗了，并且即将会变得更加黑暗，我说我想要有趣的一集，浪漫爱情正合适。然后她们说‘我们要把这集变成盛大的舞会。’我们花了很长时间研究英国1920年代和1940年代，故事可以设定亨利八世国王的宫殿正在举办舞会。然后我忘了谁说‘让我们写一集《布里奇顿》样式的吧。’，然后我们就拥有了一集《布里奇顿》版本的《神秘博士》。”
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【尾注】：
第二、三任博士时期经历了三个不同版本的亚特兰蒂斯摧毁方式，详见老版第四季第五集《The Underwater Menace》、老版第八季第五集《The Dæmons》、老版第九季第五集《The Time Monster》。
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1992年小说《Transit》，第七任博士提及他拜访过了三个不同版本的亚特兰蒂斯 ；
2014年BF广播剧《Antidote to Oblivion》第六任博士提及有好几个版本的亚特兰蒂斯；
2015年，05新版S09E01《魔法师的学徒》，UNIT成员Jac提及了三个可能版本的亚特兰蒂斯。
