因为日文的读音与汉字本质上是两个系统。别忘了人家是先有了自己的语言，后再引进的汉字，所以日文里汉字有音读和训读，也就是照汉字原本的音来发音，和把原来日文里的读音给配了一个意思合适的汉字。
至于楼主提到的不知火这个姓，原本是指在海上出现的来历不明的火光。日语里不知道是“知らない（shi ra nai)，或者　知らぬ（shi ra nu)”，然后火可以读作“火（ひ hi)"，两个结合起来就是しらぬひ（shi ra nu hi) ，说的顺一点就变成了しらぬい(shi ra nu i)。而再给这个发音靠意思搭配合适的汉字就变成了不知火（shi ra nu i)