软件著作权在认定高新技术企业中有以下用途：
核心知识产权证明：它是企业核心自主知识产权的重要体现，表明企业在软件领域具有创新成果，这是高新技术企业认定的关键条件之一。
技术创新能力展示：拥有软件著作权意味着企业具备软件技术开发能力，能够向认定机构展示其在技术创新方面的实力，有助于获得认可。
研发投入的佐证：软件著作权的获得通常需要投入一定的人力、物力进行研发，其可以从侧面反映企业在研发上的投入，这也是认定高新技术企业时重点考量的因素。