软件著作权在认定高新技术企业中有以下重要用途：
1. 关键指标证明：是高新技术企业认定的重要指标之一，可证明企业在软件开发和技术创新方面的能力，满足企业拥有自主知识产权的要求。
2. 体现创新能力：反映企业在软件领域的研发能力和技术创新水平，意味着企业在软件技术领域有一定创新和突破，符合高新技术企业对技术创新能力的要求。
3. 助力评分提升：在高企评分体系中，作为二类知识产权，一定数量的软件著作权能增加知识产权的数量和质量得分，提升企业的整体评分，增加申报成功的几率。