软件著作权在认定高新技术企业中有以下重要用途：
突出技术创新能力：是企业在软件技术领域创新成果的直接体现，证明企业有自主研发和创新的实力，可使企业在认定中获更高创新能力评分。
增加知识产权得分：在高新技术企业认定的知识产权评价中占重要分值，拥有一定数量软件著作权能提升企业整体知识产权得分，为认定成功增添砝码。
保护核心技术：通过登记软件著作权，能有效保护企业核心软件技术，防止他人抄袭侵权，保障企业在市场竞争中的技术优势，助力高新技术企业的长远发展。