柯南因此得知了导致他变小的药的名字和大概信息，不过灰原却暗示此药原本的用途不是毒药。。。

两人取回了错寄在广田教授家的存有药物资料的软盘正要查看时，不料电脑却被软盘里的暗夜男爵病毒感染，结果资料全毁。



灰原虽然隐藏了起来，但是组织却没有放弃寻找叛徒的努力，柯南与灰原也就从此卷入了对组织侦查与反侦察的大戏中。不过灰原好像也没有透露更多组织的情报，此时的她对组织有着极度的恐惧感。





130-131竞技场无差别胁迫事件，剧情本身与组织无关，但是灰原的话暗示，组织有一个始于半个世纪前的庞大计划，但究竟是什么却不得而知，而柯南已经陷入了这个计划里了。


“人是不能违逆时光洪流的”，这句话在后面还会出现，仿佛暗示着组织的研究与违逆时光规律有关。

170-171黑暗中的死角，新出智明的父亲被其继母杀害，小五郎在柯南的协助下破案，乍看与主线毫无关系，之后的剧情却表明这里是青山历时两年的一个大伏笔，也是真正的新出智明在三方对决前唯一的一次出场。
为保护无辜的女佣，警方修改的了案件的纪录，隐瞒了真实的作案手法，这一点只有真正的新出知道，日后也被朱蒂用来指证贝尔摩得假扮的新出智明。
这时候新出只是帝丹高中篮球队的临时教练而不是校医，真新出本来是要去青森的医院工作而不是当校医，校医应该是VERMOUTH假扮成新出后为了调查当上的，从《361帝丹高中的学校怪谈（前篇）》中的柯南的话可以得到佐证。

176-178 与黑暗组织的再会，柯南和灰原意外发现了GIN停在路边的车子，于是柯南在车上装上了发信器与窃听器想获得组织的情报，虽然得知了黑衣组织成员之一PISCO将在杯户饭店暗杀吞口议员的计划，但是窃听器被GIN发现并毁掉，而且他也通过遗留在车里的茶色头发联想到了SHERRY，并肯定她会在酒店现场出现。





一根茶色头发就联想到了灰原，更证明了灰原在组织里不是个一般人物。

柯南与灰原潜入宴会想阻止暗杀计划，不料非但没有来得及，而且灰原也不幸被PISCO识破身份并绑架囚禁在酒窖中。



柯南一方面利用警丅察拖住嫌疑犯PISCO，一方面提醒灰原喝下白干成功恢复为SHERRY从壁炉逃出。

不料GIN正在屋顶守株待兔，并开枪向SHERRY射击，在这千钧一发的时刻，柯南携变声器出现用麻醉针射中了GIN，SHERRY得以趁机从烟囱逃生，并恢复成了灰原。





PISCO这时也来到酒窖想杀死灰原，却被柯南揭破了身份，结果PISCO被GIN灭口，死前也没来得及说出灰原=SHERRY的秘密。GIN在与柯南的对决中被麻醉针所伤，也发现SHERRY有骑士保护。




这一集我们的得到了很多信息，通过PISCO的话，我们的得知灰原研究的药不是单纯的毒药（“进展到了这个阶段”），而且她是继承了父母的研究。


从后来GIN与VERMOUTH的对话中，我们比柯南更早得知了VERMOUTH就是当时的在场的美国超人气女星克里斯宾雅德，是她将紫色手帕分给PISCO想替他掩盖罪行。后来柯南怀疑当时PISCO有同伙也是基于此。


VERMOUTH在事件后熄影并在日本隐居下来，不过从她的话中却看不出是接受了组织寻找灰原的任务，而是要“弄清楚一直担心的事”。。。。。