明日方舟的主线任务在游戏主界面的“作战”选项中。进入“作战”后，选择“主线剧情”即可看到各个章节的主线关卡。玩家需要按照顺序依次通关各个关卡，以推进主线剧情。例如，完成主线作战3-8后开启第四章，此后的章节需顺次通关以解禁，直至第八章。另外，完成特定主线关卡还会解锁一些隐藏关卡，如通关主线14章，观看完14-23剧情，并且阿米娅精二，在14-18和14-21关卡中携带阿米娅并三星通关，即可解锁隐藏关卡eg-6。