法国国家自然历史博物馆位于巴黎植物园内，旗下包括非常多的分支机构，包括其前身皇家植物园，以及植物园内的矿物学与地质学馆（la Galerie de Minéralogie et de Géologie）、古生物学与比较解剖学馆（la Galerie de Paléontologie et d'Anatomie Comparée）和著名的大演化馆（la Grande Galerie de l'Evolution），以及公园内的巴黎动植物园。
除此之外还有一些同为其旗下的场馆并不在巴黎植物园内，比如人类博物馆和巴黎文森特动物园等等。

巴黎植物园附属动物园在巴黎植物园内的北侧，由于植物园离火车站非常近，所以这是第二次在等车的时候来植物园内遛弯了。不过两次都没有进入到动物园内参观，不过有趣的是在园外也可以看到几种动物园内的动物，算是动物园给当地居民的小福利。

来自南美洲的红腿叫鹤以及雪鸮，这里是园内鸟舍的背面，但在园外还是可以看到笼舍的顶部

如果说看到两种鸟类是偶然，那么后面看到的动物园可以说是动物园大方的把动物展示给了园外的游客，比如这个小熊猫展区还配上了展牌

小熊猫隔壁的熊狸

白肢野牛

阿拉伯剑羚，算是在园外能看到的最大牌的动物

赤大袋鼠和鸸鹋混养，以及一个赤颈袋鼠展区，后者的展区已经完全是在动物园外了

高加索羱羊，可以看到的最后一种动物，开胃菜结束接下来正式开始看博物馆

法国国家自然历史博物馆（Muséum national d'histoire naturelle）始建于建立于1793年6月10日，前身是路易十三于1635年建立的皇家药用植物园（Jardin royal des plantes médicinales），当时由皇家医师管理。1718年3月31日，路易十五宣布取消其药用的功能，使其成为了单纯的皇家公园（Jardin du Roi），并专注于自然史。
18世纪的大部分时期，皇家公园都由博物学先驱布丰管理。法国大革命后，皇家公园幸运的得以保留，并被12位教授改建为国家自然历史博物馆。博物馆的目的是为了传授知识，收集藏品并进行科学研究。其在19世纪蓬勃发展，特别是在化学家米歇尔·尤金·谢弗勒尔（Michel Eugène Chevreul）管理期间，其与巴黎大学在科研领域旗鼓相当。例如，亨利·贝可勒尔在任博物馆应用物理主席期间（1892年至1908年）发现了铀的放射性。
1891年12月12日的一道法令结束了这一阶段，使国家自然历史博物馆重新关注自然史。在1907年获得财政自主权后，博物馆开始了新的发展。20世纪末至今，博物馆专注于人类开发对环境影响的研究和教育工作。

首先参观的是比较解剖学&古生物学博物馆，博物馆于 1898 年落成，由古生物学教授Albert Gaudry、比较解剖学教授 Georges Pouchet和建筑师 Ferdinand Dutert 共同完成。
比较解剖学藏品此前部分展示在居维叶街的一座名为“de la baleine（鲸鱼）”的建筑中。Albert Gaudry获得许可暂时占用这栋建筑的两个房间来重新整理化石标本，此前这些标本分散在各个实验室，对化石的研究并没有与对现存生物的研究分开。
随着 1900 年巴黎世界博览会的临近，博物馆的教授们利用这次活动重新思考了在一个雄心勃勃的建筑和博物馆项目中解剖学、古生物学和人类学标本的展示方式。这个重大项目是将所有这些藏品集中到一个地方，即当前的比较解剖学和古生物学博物馆。

比较解剖学&古生物学博物馆是世界上第一批按照叙述框架进行选择排列展示的博物馆之一，Gaudry创新性地设计了一个主题展览，利用精选标本展示了进化的概念。他想让游客有机会在一个没有建筑间断的大厅中穿过“进化的群体”，发现“动物世界的联系”。
Ferdinand Dutert被选为该项目的首席建筑师，他受到古斯塔夫·埃菲尔和奥古斯特·巴托尔迪的启发，提出了一种“开放式”建筑，建筑中有外露的铁梁、巨大的楼梯、带有自然风格装饰铁艺的阳台、高高的天花板和透明度，体现了新艺术运动的精神。但实际上，这座建筑从未完工。该建筑最初规划长320米，但最终只有80米长。
虽然比较解剖学博物馆的变化不大，但古生物学博物馆多年来经历了重组，因为收藏品增加和新标本的到来，特别是 1908 年的梁龙标本。
人类学和史前史收藏的标本最初在位于第三层的展厅展出，于1937年被转移到特罗卡德罗民族志博物馆，后者不久后成为人类学博物馆，腾出的空间目前展示的是无脊椎动物化石标本。

博物馆的全价票是12欧，不过26岁以下的欧盟学生免费，法国的很多博物馆都有类似的政策，相比之前参观的部分欧洲国家确实良心了很多。

博物馆共有三层，一层便是比较解剖学馆，主要研究的是动物的器官和骨骼的样貌和功能，以此来进一步探究不同物种间的关系。