司马迁在晋朝开始建庙祭祀，郡守殷济上奏获批修建司马迁祠，宋朝尹阳扩建司马迁祠，在金元也是官方维护，司马迁墓是元朝修建成蒙古包形状，早期是地方祭祀，但是有时最高统治者贤明时会举行国家祭祀，忽必烈举行过一次国家公祭，在清朝康熙时，就是朝廷派特使吕和钟来进行国家祭祀，并且和韩城县令翟世琪共同确定马氏为司马迁后裔，担任主祭，司马迁的祭祀也是带有国家祭祀性质的，仅仅不是每年都国家祭祀，每年的祭祀都是韩城地方官祭祀。民国乱世，祭祀情况不详，应该沿袭地方官祭祀传统，在中华人民共和国成立后，司马迁庙被定为第二批国家文物保护单位，因为没延续祭祀传统，只是让韩城地方民间祭祀，这时主祭也改成冯氏和同氏，都是隐居在司马迁家乡韩城的司马迁后裔，不再让有全国影响的司马迁后裔司马徽子孙马氏和司氏主祭，到九十年代才恢复地方官祭祀，主祭仍是冯氏和同氏，并且发展成和黄帝、孔子并列的中国三大公祭。但是还没有像元朝清朝时举行国家公祭，仅有地方公祭。中国古代鼎盛时期的司马迁国家祭祀也是值得尊重学习。