001云霄飞车杀人事件，新一和青梅竹马的毛利兰一起去多罗碧加游乐场玩，在乘坐云霄飞车时遭遇了杀人事件。



成功解决案件后，新一跟踪两个神秘的黑衣男子，并目击了一名黑衣男子进行现金交易的现场，正当他全神贯注的时候，不料另一名黑衣男子突然从背后出现，将新一击倒，并灌下了组织新开发的毒药，新一感觉自己的骨头都要裂开了……





002董事长千金绑架事件，在被**救醒后，新一发现自己的身体竟然退化到了幼年时期。
新一在家门口遇到了阿笠博士，并使他相信自己就是变小了的新一。
为了隐瞒新一还活着的事实和不连累身边的人，新一听从了博士的忠告，决定隐姓埋名。
正巧这时小兰来访，在被问及名字时新一灵机一动，自己取名为江户川柯南蒙混了过去。为了获得黑衣组织的情报，柯南借着小兰父亲是侦探之便，以寄养的身份住进了小兰的家里。
谁知道毛利小五郎是个糊涂侦探，已经好久没有生意上门了，还埋怨新一抢了他的风头。
正巧这时有人来报案说董事长的女儿被黑衣男子绑架，柯南立刻跟了过去，并暗中帮助小五郎解决了这件案子，却发现和黑衣组织没有什么关系。

002董事长千金绑架事件，在被警丅察救醒后，新一发现自己的身体竟然退化到了幼年时期。
新一在家门口遇到了阿笠博士，并使他相信自己就是变小了的新一。
为了隐瞒新一还活着的事实和不连累身边的人，新一听从了博士的忠告，决定隐姓埋名。
正巧这时小兰来访，在被问及名字时新一灵机一动，自己取名为江户川柯南蒙混了过去。为了获得黑衣组织的情报，柯南借着小兰父亲是侦探之便，以寄养的身份住进了小兰的家里。
谁知道毛利小五郎是个糊涂侦探，已经好久没有生意上门了，还埋怨新一抢了他的风头。
正巧这时有人来报案说董事长的女儿被黑衣男子绑架，柯南立刻跟了过去，并暗中帮助小五郎解决了这件案子，却发现和黑衣组织没有什么关系。

005新干线大爆破事件，柯南在火车上遇到了前次的两名黑衣男子，阻止了两人引爆新干线列车杀人灭口的计划，并成功得知了两人的代号――GIN和VODKA。

013奇怪的寻亲杀人事件，组织成员宫野明美（化名广田雅美）为了助妹妹宫野志保脱离组织，策划了十亿元抢劫事件，得手后却不幸被GIN枪杀，临终前她向柯南透露这是一个笼罩着重重迷雾的庞大组织，组织的颜色是黑色。

043江户川柯南诱拐事件，新一的父母从博士处得知其变小，母亲化装成江户川文代，父亲化装成暗夜公爵，伪装成黑暗组织成员与柯南开玩笑。

054电玩公司杀人事件，在参加满天堂游戏公司的新作发布会时，柯南意外听见黑衣组织成员之一的Tequila给VODKA打电话。不过Tequila旋即被误炸身亡。



他本来的目的是想与电玩公司职员中岛交易获得全世界最有才华的程序设计师的名单，柯南迅速赶往中岛经常与之见面的酒吧时，那里却发生了爆炸，线索也随之灰飞烟灭。





118浪花连续杀人事件，连续杀人犯沼渊已一郎登场，后来得知他只是组织里的小角色，是组织培养杀手的失败作品。

128 黑暗组织10亿元抢劫事件，因为之前与漫画对应的“013奇怪的寻亲杀人事件”被改编，因此动画在这里添了一集，重新讲述了灰原的姐姐宫野明美被琴酒所杀的情节，为之后灰原出现作铺垫。通过GIN与宫野明美的对话我们得知，与仅仅是组织小卒的姐姐不同，宫野志保是组织里少数有头脑的人之一。





129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件，组织代号SHERRY的宫野志保因姐姐被杀以停止APTX4869研究的方式表示抗丅议，结果被组织囚禁在瓦斯室。绝望的她服下了藏着的APTX4869想要自杀，没想到与新一一样没被毒死而身体缩小成儿童时期模样，得以挣脱了手铐从垃圾信道逃了出来。






因为她之前已经从对新一家的调查中发现新一也变小了，所以新一成了她唯一的希望，最后疲惫的她倒在新一家门口，被隔壁的阿笠博士所救，并寄住博士家里，以一名转校生的身份成为了柯南的同班同学和少年侦探团成员。