本集中柯南向朱蒂老师等人了解到了赤井悲惨的过去，原来他曾是宫野明美的男友，利用其妹宫野志保的关系，以诸星大的化名潜入了组织。由于变现出色，不但得到了RYE的代号，而且获得了和组织的高级干部GIN一起行动的资格。正当他跟FBI要借此机会诱捕GIN以将组织连根掘起时，却由于手下一个搜查员的失误而功亏一篑。结果明美被组织所杀，志保也被迫逃离组织。




498 红与黑的碰撞 搅乱，为了救出水无，GIN策划了医院附近相继发生的集体食物中毒，奇怪气味引发的人员骚动，火灾等3大事件，一时间大量患者涌向杯户中央医院。
与此同时，在医院的问讯处忽然接到了给James的署名楠田的包裹，这朵名叫楼斗草的花，花语竟然是“旗开得胜”！可是惊诧不止这个开战宣言而已，赤井还发现了花盆中被放置了炸弹！





499 红与黑的碰撞 伪装，FBI的搜查官们在收缴炸弹的时候发现电视上居然出现了穿着住院服的水无怜奈！搜查官们急忙奔向怜奈的病房，却看到的是安静的躺在床上的怜奈。
原来电视上的影像是利用以前的资料进行剪辑处理合成的，而且组织根据炸弹的中放入的发信器，已经锁定了怜奈的病房。




FBI只得采取最终手段——三车齐出，转移水无！神秘的卡迈尔承担了运送水无本尊的任务，朱蒂想要阻止他，却被他一拳击晕，难道这个卡迈尔是？这时GIN也派出VODKA，CHIANTI，KORN三人盯上了三辆车，并成功的判断出水无就在卡迈尔的车内。





500 红与黑的碰撞 遗言，面对GIN和众手下的迫近，卡迈尔打算凭借车技甩掉跟踪，却突然遭到装炸弹的盒子的袭击，3号车也随之撞上护栏停了下来，原来装睡的水无在关键时刻出了手。
正当CHIANTI打算解决掉昏晕的卡迈尔的时候，3号车突然发生了爆炸。
水无和GIN等人顺利的回到了组织，FBI与柯南精心策划的计划难道就此满盘皆输？




原来柯南和赤井早已发现水无已醒，并知道了水无的确是瑛佑的姐姐——CIA本堂瑛海的事实，瑛佑因为患过白血病，用过姐姐的造血干细胞和经过骨髓移植的手术，使他的血型改变，而自己不知。
柯南和赤井利用瑛佑的出现迫使水无醒来与FBI对话，当年两人的父亲伊森本堂惨死的故事也再次被提起。赤井，柯南与水无定下约定，水无以Kir的身份重回组织，成为钢楔。





501 红与黑的碰撞 嫌疑，柯南和赤井向因为失去水无而沮丧万分的FBI解释了他们计划的本来面目，原来水无的真实身份是CIA情报员本堂瑛海，他们已经达成了协定，水无怜奈继续以KIR的身份回到组织，除了向CIA报告外还要向FBI提供情报。
水无怜奈的条件是让她的弟弟本堂瑛佑加入证人保护计划，而且要求在任何情况下都优先考虑CIA的任务需要，也许会有对不住FBI的地方，赤井却好像对这个要求早有预料。。。





与此同时，回到组织的水无也想办法保护了医院的人员。但是GIN对如此简单就救回水无充满疑虑，预示着柯南和赤井的计划也许并不能那么一帆风顺。



柯南与元太、步美、光彦、阿笠博士，灰原等人一同前往新米花旅馆吃自助餐。途中，柯南向灰原讲述了之前的事情和瑛佑拒绝证人保护计划的事，灰原想要见赤井的想法让柯南十分狼狈。




到达后，看到高木刑丅警的巡逻车也开了过来。据说是旅馆发生了杀人事件。被害人是租住在旅馆39楼的以培养外国演员为主的经济公司的社长。
嫌疑犯是托比·凯恩斯，哈鲁·巴库那，FBI的卡迈尔探员三人中的一人。
因为卡迈尔长相凶恶，而且不肯说出职业，所以被少年侦探团和警丅察当成了重点嫌疑犯，无奈的柯南只好偷偷打电话给朱蒂叫她来帮忙。





502红与黑的碰撞 洁白，朱蒂假扮成卡迈尔的女朋友，并证实了他FBI的身份，总算是解了围。




随后，千叶刑丅警在屋顶的用具里雨衣、手套、手枪后，秘书伊莉娜也成了嫌疑犯中的一人。
柯南发现了桌子上的沾了少量血迹的备忘录用纸和钢笔杆，经过检验后，备忘录上的字迹是迷一般的“BRING MY TUX”，这个死亡信息意味着什么呢？



而此时，GIN为了消除疑虑，向水无传达了让赤井秀一从这个世界上消失的命令。






在新米花旅馆，卡迈尔向朱蒂讲述了两年前正是由于他的失误，导致了诱捕GIN的计划失败，赤井FBI的身份暴露，赤井的女友宫野明美也被组织所杀。