广州市大站6A双线，停靠：芳村，市二宫，磨碟沙，琶洲
广州市小站3A单线，停靠：市二宫，怡乐路，滨江东，艺洲路，磨碟沙
快慢线换乘站：市二宫，磨碟沙
换乘方式：上下叠岛
在市二宫和磨碟沙设置联络线，用于3A车回停车场
佛穗莞城际占用了宝贵的市区线位不设站，一直为人诟病，在市区建设一条3A复线完美解决。
大站降级到6A，节约土建成本，把钱用于市区段修复线，复线采用单线3A站台。
市区段使用3A站台，尽可能减少拆迁难度，同时由于市区段仅有5个站，3A车足够应对。
对于需要换乘的客流，在大站使用上下叠岛，可以快速换乘，对于原车站规划也只是往下多挖一层而已，成本增加不多。并且由于是6A站台停3A车，站台不会过于拥挤。
复线由于只有5个站，站间距约1公里，单线足够可以应付5分钟的发车间隔，并且由于是3A车，单线也可以提供更长的开门时间。
单线运行模式：列车达到车站后开门，等待3分钟，关门，等待1分钟，对向车到达车站，列车启动，前往下一个站