金宣宗贞祐二年（1214），
蒙军入侵，金朝被迫迁都汴梁。
是年秋，
山东爆发红袄军反金起义，
金朝派驸马都尉——仆散安贞，将兵讨伐。

时登州、宁海未服，
驸马都尉请邱处机前往招抚，
“所至皆投戈拜命，二州遂定”。
因此邱处机声望愈隆，宋、金、元三方皆争相结纳。

兴定三年（1219)冬，
成吉思汗自西域派遣近臣刘仲禄、札八儿持诏召请。
邱处机慨然应命，
乃于次年春率尹志平等十八弟子启程西行。

历时三年多，旅途万余里，
终于到达印度大雪山之阳（今阿富汗境内）。

成吉思汗在行宫接见邱处机，
设庐赐食，礼遇至隆，请问治国之方，长生久视之道。
丘处机大略以“敬天爱民为本”、“清心寡欲为要”作为回答。
成吉思汗大悦，
称之为“仙翁”，命左右录其所言。

次年二月，诏许东归，赐以礼物，
诏令免除全真道赋税差役，
发给邱处机金虎牌、玺书，命他掌管天下道教，
又派甲士千人护送。

1224年，
邱还居燕京天长观（今北京市白云观）。
此后每有使者赴行宫，成吉思汗必问神仙安否，
尝曰：
“朕所有之城池，其（指邱祖）欲居者居之。”

在京住持期间，
邱建立八个教会，开坛说戒，广收门徒。
在都名儒官绅无不争相结纳，
或以诗贺之，或争献钱币，茸修宫观。

邱之门徒李志柔、刘志源、宋德方、禁志远等亦四出修建宫观，刊刻《道藏》。
全真道于是达到极盛，
“教门四辟，百倍往昔”。

1227年，
邱处机羽化于燕京，
次年葬于白云观安顺堂，
四方弟子来会者达万余人。

在他身后，
尹志平、李志常、张志敬等人继续掌教，教门仍然兴盛。
元朝消灭南宋之后，
全真道又渡江南传，踪迹很快遍及江浙闽鄂。

全真道自王重阳登仙后，
其门徒各立门户，繁衍出七个支派。
即，
马钰门下的遇仙派、
邱处机的龙门派、
谭处端的南无派、
刘处玄的随山派、
王处一的嵛山派、
郝大通的华山派、
孙不二的清静派。
七派之中以邱处机的龙门派势力最盛。

除此七派之外，
南宋时在江南传播的张伯端南宗派系，
其道法与全真道颇多相似之处。

当元朝统一，全真道南传后，
南宗徒裔纷纷归于全真门下，
著名道士有李道纯、李月溪、牧常晁、李玉、赵友钦等人。

赵友钦的弟子陈致虚（1290-？）为元代著名道士，
撰写《金丹大要》一书，综合南北两派内丹功法，并倡言两派合并。
以王重阳门派为全真北宗，张伯端派系为全真南宗。